Енисейский архив образован в августе 1935 года как отделение краевого архива. В 1941 году в связи с созданием единого Государственного архива Красноярского края Енисейское отделение было преобразовано в филиал крайгосархива. 

В 1992 году  Енисейский филиал Государственного архива Красноярского края был преобразован  в городской государственный архив с передачей его на местный бюджет, в 1997 году – в Енисейский городской архив. В августе 1999 года администрацией города зарегистрировано муниципальное учреждение «Енисейский архив» (МУ«Енисейский архив»), с февраля 2011 года - муниципальное казенное учреждение "Архив города Енисейска" (МКУ "Архив города Енисейска"). 

В октябре 1935 года Енисейский райисполком постановил «всем учреждениям, организациям, предприятиям и их филиалам…  с 1 ноября 1935 года  организовать архивные  хранилища  с обязательным и аккуратным хранением в них архивных материалов; немедленно прекратить всякое изъятие архивных документов на нужды учреждений, а также передачу их на поделку конвертов, оберток, продажу на сторону и т.п.». Сколько интереснейших документов исчезло в круговерти революционных событий. Многие приказы, протоколы и переписка 20-х–30-х годов прошлого столетия написаны на обратной стороне  дореволюционных документов, которые в то время посчитали уже никому не нужными и неинтересными.  Первые документы  поступали в архив в основном в россыпи.  Многие из них были «в беспризорном состоянии», обнаруживались случайно в закрытых помещениях, на чердаках и в подвалах. Так попали в архив немногочисленные дела  женской и мужской гимназий, включающие в себя в основном  красочные свидетельства и аттестаты об образовании учащихся, которые сегодня являются предметом гордости архива и наиболее частыми объектами  выставочных экспозиций.

К концу первого года существования в Енисейском отделении  краевого архива было разобрано и учтено 1758 единиц хранения,  в 1936 году  – уже около 6 тысяч. Весной 1937 года в городе случилось большое наводнение, вся  его центральная часть  и  низменные окраины оказались под водой. Архив был затоплен. Оставшуюся часть 1937-го и весь 1938 год архивные документы разбирали, сушили и восстанавливали.

В 1939 году на момент передачи архивов в ведение НКВД в соответствии со штатным расписанием в архиве числилось четыре сотрудника: директор, инспектор, технический работник и старший технический работник. Последняя должность была вакантной. Имеющиеся на хранении документы в количестве 16856 единиц хранения были сосредоточены в 86 фондах.

В 1950 году степень загруженности архивных стеллажей и полок составляла уже почти 100%, т.к. количество фондов увеличилось до 192, а количество дел до 43 тысяч. В 1955 году в архиве было сосредоточено 50775 дел, что является наибольшим количеством за всю историю существования архива. 

В 1961 году решением  исполкома Енисейского райсовета впервые был утвержден список основных учреждений, организаций и предприятий, документальные  материалы которых должны поступать на государственное хранение в госархив города Енисейска. В него было включено 57 источников комплектования: местные органы государственной власти и их отделы, 18 сельских Советов, органы правосудия, народный театр и учительский институт, предприятия лесной промышленности, 14 колхозов и другие. В учреждения и предприятия из архива были возвращены документы по личному составу, принятые досрочно.

С момента образования и по настоящее время Енисейский архив  четырежды перемещался в различные здания. Условия хранения документов  не всегда были благоприятными - почти 50 лет  они размещались в неотапливаемых помещениях!  Только в 1981 году  было проведено центральное отопление,  в том же году  установлены первые металлические  стеллажи. В постперестроечное время  архив  два раза переживал  новоселья. Первое предоставленное под него здание оказалось непригодным для хранения документов, тем не менее в нем пришлось просуществовать десять непростых лет. С 2000 года  Енисейский архив располагается  в старинном  здании – памятнике истории и архитектуры  конца XVIII века. 

В настоящее время в архиве хранится более 40 тысяч дел, сосредоточенных в 322 фондах: 308 из них советского периода и 14 дореволюционных. В фондах досоветского периода, насчитывающих 437 дел,  имеются сведения о городских  и  уездных церквях,  развитии  и состоянии  золотопромышленности, устройстве водных и железнодорожных путей, социальной и культурной жизни старинного города, отчеты о деятельности городской управы. Старейшему документу архива 200 лет, это ведомость прихода денег по енисейской Воскресенской церкви  за 1809 год из фонда благочинного градо-Енисейских церквей. В 2009 году в архиве составлен путеводитель по дореволюционным фондам (1908-1920 гг.).

Документы советского периода отражают становление советской власти в городе и уезде, развитие лесной промышленности и сельского хозяйства, состояние народного образования и здравоохранения, коммунального хозяйства и местной промышленности, торговли и транспорта.

 С середины 80-х годов прошлого столетия архив приступил к приему на хранение фотодокументов. Комплекс имеющихся фотографий включает изображения видов города, исторических зданий и церквей, современных производственных и социальных объектов, проведение праздников и юбилеев и многое другое.

Коллекция документов участников Великой Отечественной войны сформирована из личных документов ветеранов войны города и района, среди которых  воспоминания  бывших воинов, грамоты и благодарности за участие в боевых действиях, справки о ранении, извещения о гибели,  фотографии военных и послевоенных лет, письма с фронта.

Фонд документов личного происхождения представлен документами почетных граждан города, краеведа, заслуженных работников и старейших жителей города. Оформляется прием документов енисейского писателя Алексея Марковича Бондаренко.

Со второй половины 90-х годов в архив стали поступать документы по личному составу ликвидированных организаций. Актуальной стала работа архивистов по обеспечению сохранности дел, содержащих сведения о трудовой деятельности  работников предприятий, подлежащих ликвидации.